万智牌与游戏王在堆叠与连锁机制上有着显著的不同，这两者都是待结算的“区域”,但背后的规则和玩法却有着本质的区别。
堆叠与连锁在本质上都是处理特定区域内的卡牌，它们在两个游戏中的运作方式有所不同，这是因为两个游戏中的优先权系统不同,导致了堆叠和连锁在处理方式和优先级上的差异。
在《万智牌》中，堆叠被视为一个区域，不再设有特定的“HLimboX”区域，这意味着在堆叠内的卡牌处理不再依赖于特定的咒文或异能作为连锁进行发动，新发动的叠在旧发动的上面，双方在游戏开始后放弃优先权后处理堆叠最上面的卡牌，这意味着，一旦开始处理连锁，直到整个连锁处理完毕为止不会产生新的卡牌或咒文/异能，玩家在发动了特定效果后，将优先权转给对手，如果对手没有进行操作而放弃优先权，则轮到自己处理，这些卡牌的处理受到规则决定的连锁次序的影响，可以受到各种处理的影响，包括但不限于卡牌的效果、效果的效果、特殊处理等。
而在《游戏王》中，连锁系统则具有其独立的处理区域，玩家在手牌场上进行卡的发动或效果的发动，在特定区域如墓地等进行卡的发动或效果的发动时，一旦开始处理连锁，直到连锁处理完毕为止不能发动新的咒文或异能，在这种情况下，玩家需要在特定效果处理之间插入特定的处理方式，如插入到效果处理之间或插入到效果处理中，回合开始后，玩家将优先权转给对手，满足条件时发动的公开领域的诱发效果与满足条件时发动的公开领域的即时效果不需要优先权也能发动并遵守规则决定的连锁次序，游戏王也强调了连锁规则下的某些特殊处理方式，例如永续陷阱和魔法等部分卡牌的处理时本身不在场上则不能处理的效果可以通过破坏、除外等方式进行处理。
这两个游戏在堆叠和连锁的处理方式上有着明显的区别，万智牌注重的是整体策略和优先权的平衡，玩家需要合理规划卡牌的摆放和发动顺序，以达到最佳的效果，而游戏王则更注重的是规则的执行和特殊处理方式的应用，无论是哪种游戏，都需要玩家根据具体情况灵活运用规则和策略,才能取得胜利。