在第三部中,机械世界仍然保持着原方案进攻Zion,对于机械来说,他们准备了承受损失整个Matrix的损失,然而这时Smith的问题却超出了他们的预料。
在Matrix中, Smith不断繁殖扩散,他进行了一次异常的尝试——把自己的意识强加在另外一个人类的大脑之上,其结果成功地使Smith意识到,进化了的人类大脑能够直接解析和接受电子信号和程序代码,程序也可以对人类大脑进行编程,以电子信号方式改变人类的意识,这个结果只有Smith和Oracle知道(在Matrix中发生的任何事情 Oracle都知道)。
对Neo来说,他也明白了进化是双方面的,人类在进化,机械也在进化,他也意识到了人类和机械之间在意识层面变得越来越一致,人类的意识和机械的程序代码变的可以互相融合,对于物种来说,他们变得更像是同一物种的不同表现形式,就如同给一副大脑配备一个机械身体,或者给一段程序代码配备一个生物身体一样。
Neo的新能力由于眼睛的失明而得到了完全的进化。 Neo可以凭脑波知道眼前袭击他的人是Smith,也可以通过脑波直接控制其他机器的代码,于是Neo意识到,他可以变成一个对机械世界来说,极为重要的人,他判断出,Smith的行为和其他程序大不一样,会对整个机械世界造成严重的破坏,而唯一能够和他对抗的人就是自己,于是他决定以自己作为筹码来挽救所有Zion的人类,使进化了的人类免遭毁灭得以延续。
Neo的判断非常准确,在Matrix中Smith最终突破了Seraph这道防火墙,侵入了核心Oracle,由于Oracle是整个Matrix的核心,拥有最高权限,因此当Oracle被Smith占据之后,整个Matrix中所有的系统程序都对Smith开放了,Smith获得了Matrix最高系统权限,而Matrix直接和机械世界相连,Smith将可以通过Matrix占领整个机械世界,于是机械世界封闭了和Matrix所有连接通道以作为抵抗,但机械世界也知道这不是长久之计,Smith早晚会突破封锁浸入机械世界。
伴随Trinity的牺牲,Neo到达了机械世界的城市,在和机械大帝简单的谈判之后,机械大帝同意了Neo的提议,以牺牲Neo挽救机械世界作为代价放过Zion的人类。
Neo被接入了Matrix,他主动将自己的意识和Smith意识进行融合,在不断的打斗中逐渐解析构成Smith的程序,当解析完成的时候,机械世界便可以直接使用Neo的意识作为接口,消灭掉全部构成Smith的代码,最终Neo被Smith融合,Smith程序的解析也同时完成,巨量的代码通过Neo的大脑被输入到Matrix直接烧毁了Neo的大脑,Neo的牺牲拯救了机械世界,而机械世界则遵照约定放过了Zion的全部人类。
之后,Smith被消灭,机械世界也完成了对Neo的解析(机械世界对Neo的解析和Neo对Smith的解析是同时进行的),重建了Matrix,在Oracle和Architect最后的对话中,Architect对Oracle隐瞒还有其他方法可以解决机械世界表达了不满(机械世界可以采用类似Smith的方式对Neo的意识进行侵蚀强迫Neo帮助他们,但这种方式带有相当大的不确定性,如果Neo强大到可以拒绝这种侵蚀,就像他在第二部电影里对付Smith那样的侵蚀的话,机械世界就有失去最后解决Smith的方法的危险),但Architec也承认,进化了的人类可以和机械避免互相毁灭和平共处。
整部影片实际上各种逻辑十分的严谨,但却表现的很晦暗,也许导演希望大家能看懂他的电影“进化”了的人类的出现吧。